Năm 1966, hai nhà ngôn ngữ học SIL David Thomas và Richard Phillips thực hiện một nghiên cứu từ vựng thống kê nhiều ngôn ngữ Môn-Khmer ở Đông Dương. Nghiên cứu này giúp nhận diện hai nhóm ngôn ngữ Môn-Khmer mới, là ngữ chi Cơ Tu và ngữ chi Ba Na (Sidwell 2009).

Tài liệu giúp phân loại chính xác các ngôn ngữ Cơ Tu chỉ mới xuất hiện vào thập niên 1990, khi mà Lào mở cửa cho các nhà ngôn ngữ học nước ngoài. Phân loại dưới là của Sidwell (2005). Sidwell (2005) ngờ vực giả thuyết Việt-Cơ Tu của Diffloth, cho rằng bằng chứng để chứng minh còn quá mơ hồ. Sidwell (2009) cho rằng nhánh Cơ Tu là phân nhánh nguyên thủy nhất, những nhánh còn lại đã phát sinh ra nhiều đặc điểm riêng hơn.

• Cơ Tu (Thap):
  • Cơ Tu (Cơ Tu Hạ, Lào)
  • Phương (Cơ Tu Thượng, Việt Nam)
• Kui–Bru:
  • Bru (Lào, Thái Lan)
  • Kuy (Thái Lan)
• Pa Kô (Tareng) (Việt Nam, Lào)
• Tà Ôi–Kriang (Lào và Thừa Thiên-Huế, Việt Nam):
  • Ngeq/Kriang (Khlor/Lor)
  • Tà Ôi, Ir

Ethnologue còn liệt kê cả tiếng Kassang, nhưng ngôn ngữ này thuộc ngữ chi Ba Na (Sidwell 2003). Lê Bá Thảo và đồng nghiệp (2014:294)[2] ghi nhận một nhóm người nói ngôn ngữ Cơ Tu gọi là Ba-hi sống ở huyện Phong Điền, Thừa Thiên - Huế, Việt Nam.

Tiếng Kuy và Bru mỗi tiếng có chừng nửa triệu người nói, còn cụm phương ngữ Tà Ôi có hơn 200.000 người nói.